Nur Misuari lahir di Jolo , Sulu pada 3 Mac 1939. Nur Misuari adalah anak keempat dari 10 adik-beradik. Keluarganya dari keturunan Tausug dari Kabinga-an, pulau Tapul.Bapanya bekerja sebagai nelayan dan tidak mampu menghantar anaknya ke universiti.Namun gurunya berjaya mendapatkan biasiswa untuk dirinya terus belajar.

Nur Misuari belajar di Universiti Filipina di Manila pada 1958 jurusan politik. Nur Misuari aktif semasa di universiti dan terlibat dalam perdebatan. Beliau kemudian sambung belajar undang-undang tetapi sementara sahaja. Kemudian sambung belajar peringkat sarjana jurusan kajian Asia pada tahun 1966. Pada tahun 1964, Nur Misuari mendirikan sebuah kelompok mahasiswa radikal yang disebut Bagong Asya (New Asia). Misuari, bersama dengan Jose Maria Sison juga mendirikan Kabataan MAKABAYAN atau 'Pemuda Patriotik'.